Timor,  Sabu dan Rote terletak dalam sabuk tektonik yang tidak stabil yang membentang dari Seram ke Jawa dan Sumatera. Akan tetapi pulau-pulau ini terpisah dari sebuah sabuk gempa bumi yang membentang paralel ke utara. Keadaan ini menguntungkan karena pulau-pulau ini berada di luar dari pulau-pulau vulkanis inner arc yang aktif (Wainwright, 1972: 2).

Laut Sabu dan Samudera Hindia. Dibandingkan pulau-pulau kecil lainnya yang berada di Provinsi Nusa Tenggara Timur, letak pulau Sabu cukup terpencil dan memiliki jarak terjauh ke pulau-pulau yang ada di sekitarnya, seperti ke pulau Sumba, Rote dan Flores. Kondisi ini menyebabkan angkutan laut, menjadi moda transportasi yang paling berperan penting bagi masyarakat Sabu Raijua agar terhubung dengan pulau lainnya di Provinsi Nusa Tenggara Timur.

Menurut topografinya, permukaan wilayah Kabupaten Sabu Raijua sebagian besar terdiri dari bukit-bukit kapur yang rata-rata kemiringannya 45 derajat dengan beberapa puncak yang menjulang, namun ketinggiannya tidak lebih dari sekitar 250 meter.

Secara umum, ketinggian rata-rata wilayah kabupaten ini berkisar antara 0 hingga 100 meter di atas permukaan laut. Sedangkan, jenis tanah yang mendominasi adalah Alluvial, Grumosol, Litosol dan Mediteran dengan tekstur halus sampai kasar.

Secara mendasar, tanah Sabu terbentuk dari Bobonaro Scaly Clay (tanah liat Bobonaro) yang diselimuti oleh lipatan tanah Viqueque. Bagian utara pulau ini ditutupi lapisan karang. Di sebelah timur Desa Raerobo (wilayah LiaE) ditemukan juga lapisan lahar yang tipis. Wainwright memperkirakan lapisan ini terbentuk pada jaman pra Viqueque (Wainwright, 1972: 2-3). Di pulau Sabu ditemukan juga jenis batuan yang disebut mangan dan terdapat juga semburan kecil dari dalam perut bumi di LiaE yang diduga gas alam. Untuk selanjutnya ke depan gejala-gejala ini perlu penelitian teknis geologis untuk menelusuri kemungkinan adanya jenis bahan tambang lain seperti batu dan logam mulia, minyak bumi, gas alam dan lainnya.