a. Kepala dinas (Eselon II);
b. Sekretaris Dinas (Eselon III-A) ;
Membawahi sub bagian (Eselon IV-A) :
1) Umum, Kepegawaian dan Keuangan;
2) Perencanaan, Pengendalian dan Pelaporan.
c. Kepala Bidang Budidaya Perikanan (Eselon III-B)
Membawahi seksi – seksi (Eselon IV-A)
1) Seksi Pembenihan, Usaha dan Produksi;
2) Seksi Kelembagaan dan Perikanan Budidaya.
d. Kepala Bidang Perikanan Tangkap (Eselon III-B),
Membawahi seksi – seksi (Eselon IV-A):
1) Seksi Pemberdayaan Nelayan dan Infrastruktur Perikanan;
2) Kelembagaan Perikanan Tangkap;
e. Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD).
f. Kelompok Jabatan Fungsional.