Kabupaten Sabu Raijua terletak antara 10025'7,12"-10049'45,83" Lintang Selatan dan antara 121016'10,78 - 12200'30,26" Bujur Timur.

Adapun batas-batas kabupaten ini adalah sebagai berikut: Utara, Timur dan Barat dengan laut Sawu, dan Selatan dengan Samudera Hindia.

Rata-rata ketinggian wilayah-wilayah di Kabupaten Sabu Raijua berada pada adalah 0-100 meter di atas permukaan laut. Disamping itu, pada umumnya permukaan tanahnya berbukit-bukit dengan rata-rata kemiringan 450 dengan perincian sebagai berikut:

    0⁰ - 10⁰ =   15 %
    10⁰ - 50⁰ =   55 %
    50⁰ - 100⁰ =   30 %

Jenis tanah yang dominan di wilayah Kabupaten Sabu Raijua adalah Alluvial, Grumosol, Litosol, dan Mediteran dengan tekstur tanah halus sampai kasar. Selain itu, terdapat juga gunung-gunung kapur yang terbentang di sepanjang kawasan kabupaten ini.

Sebagian besar flora di Kabupaten Sabu Raijua terdiri dari padang rumput yang luas, pohon lontar, pohon pinus, gewang dan hutan mangrove. Sementara Faunanya terdiri atas hewan-hewan menyusui besar seperti kerbau, sapi, kuda; hewan menyusui kecil seperti kambing, babi dan domba, dan unggas yang terdiri atas ayam dan bebek.