Sesuai Peraturan Bupati Sabu Raijua Nomor 29 Tahun 2019 tentang Susunan Organisasi Daerah Kabupaten Sabu Raijua, maka susunan organisasi pada Dinas Pertanian dan Pangan Kabupaten Sabu Raijua terdiri atas:
1. Kepala dinas (Eselon II);
2. Sekretaris Dinas (Eselon III-A);
Membawahi sub bagian (Eselon IV-A) :
a. Umum, Kepegawaian dan Keuangan.
3. Kepala Bidang Pertanian dan Perkebunan (Eselon III-B),
4. Kepala Bidang Peternakan (Eselon III-B)
5. Kepala Bidang Pangan (Eselon III-B);
6. Kepala Bidang Sarana dan Prasarana (Eselon III-B);
7. Kelompok Jabatan Fungsional, yaitu:
a. Perencana
b. Pengawas Benih Tanaman
c. Pengawas Mutu Hasil Pertanian
d. Pengawas Bibit Ternak
e. Medik Veteriner
f. Analis Ketahanan Pangan
g. Pengendali Organisme Pengganggu Tumbuhan
h. Penyuluh Pertanian