Lalu lintas ternak antar daerah diatur oleh pemerintah dengan tujuan untuk memastikan ternak yang dijual sehat dan mencegah penularan penyakit ternak ke daerah lain serta untuk mencegah pengiriman ternak betina produktif. Karena itu pengawasan terhadap lalu lintas ternak antar daerah/pulau dilakukan secara terpadu dan terkoordinasi melibatkan perangkat daerah yang mengurus subsektor peternakan, karantina hewan, Kesatuan Pelaksanaan Pengamanan Pelabuhan (KP3) Laut, dan Syahbandar Pelabuhan.
Sub sektor Peternakan sebagai bagian dari sektor Pertanian, memiliki peran dalam perkembangan perekonomian masyarakat Sabu Raijua. Sub sektor peternakan merupakan bagian dari sektor Pertanian yang pada tahun 2021 memberikan kontribusi 34,31 % terhadap pembentukan PDRB, selain itu dari perdagangan antar pulau ternak, sub sektor peternakan memberikan kontribusi bagi Pendapatan Asli Daerah (PAD) melalui pungutan retribusi dan Sumbangan Pihak Ketiga (SP3). Komoditas peternakan yang banyak dikembangkan oleh masyarakat Sabu Raijua yaitu babi, kambing,domba,sapi, kerbau dan kuda, dimana hasil usaha peternakan masyarakat selain dimanfaatkan untuk konsumsi juga diperdagangkan didalam daerah maupun diantarpulaukan.
Komoditas ternak yang sering diantarpulaukan (dijual ke luar daerah) yaitu kambing,domba,sapi,kerbau, dan kuda ; dimana untuk tetap menjaga populasi ternak maka terhadap ternak-ternak besar (sapi,kerbau dan kuda) volume perdagangan antar pulau dibatasi dan diatur dengan keputusan Gubernur. Untuk tahun 2023 kuota pengeluaran ternak besar Kabupaten Sabu Raijua adalah sapi 300 ekor, kerbau 400 ekor dan kuda 400 ekor.
Bahwa dalam rangka pengawasan pada tanggal 3 April 2023 Kepala Dinas Pertanian dan Pangan Kabupaten Sabu Raijua Ir. Charles F.Y. Meyok didampingi Kabid Peternakan drh.Wahyu Agus Endriyatno memantau proses muat 113 ekor ternak kerbau di pelabuhan Seba yang akan diantarpulaukan ke Sulawesi (Toraja) dengan pelabuhan tujuan pelabuhan Jeneponto menggunakan KM. Hartini dan KM.Nur afifa. Pengawasan penting dilakukan dalam rangka memastikan jumlah ternak sesuai dengan dokumen, ternak dalam kondisi sehat, ternak dibeli dari pemilik yang sah dibuktikan dengan adanya eartag serta membangun koordinasi dengan petugas dilapangan.
Untuk tahun 2023 posisi sampai dengan 3 April 2023 melalui perdagangan antar pulau ternak, Dinas Pertanian dan Pangan telah memberikan kontribusi PAD sebesar Rp. 271.328.000; dari pengeluaran 4918 ekor kambing, 26 ekor domba, 400 ekor kerbau dan 120 ekor kuda.